Открытия Российские ученые создали веб-платформу для изучения белковых структур Российские исследователи разработали и открыли для общего доступа веб-платформу PSSKB, позволяющую изучать пространственную структуру белков и моделировать их измененные формы. Автор Наука Mail Ученые создали веб-доступную платформу PSSKB для исследования белковых структурИсточник: Freepik Ученые из лаборатории структурной протеомики Института биомедицинской химии имени В. Н. Ореховича представили научному сообществу новую веб-платформу PSSKB для углубленного исследования белковых структур. Разработка, подробно описанная в журнале Journal of Computational Chemistry, нацелена на решение актуальной задачи современной биомедицины — понимания того, как посттрансляционные модификации и аминокислотные замены влияют на функцию, стабильность и взаимодействия белков в клетке. Платформа доступна по адресу psskb.org и не требует обязательной регистрации, что делает ее максимально открытой для исследователей по всему миру. В Минобрнауки РФ уточнили, что в основе работы платформы лежит интеграция методов структурной биологии и данных, получаемых с помощью масс-спектрометрии в ходе «омиксных» исследований. Если масс-спектрометрический анализ позволяет выявить наличие измененных вариантов белков — протеоформ, то PSSKB дает возможность визуализировать и проанализировать, как эти изменения отражаются на трехмерной архитектуре молекулы. Это критически важно для изучения молекулярных основ многих заболеваний, от онкологических до неврологических, где появление специфических протеоформ часто играет ключевую роль. Платформа предлагает три основных сервиса, основанных на собственных алгоритмах разработчиков. Первый сервис выполняет поиск белков по структурному сходству, используя авторскую технологию SAFoldNet. Она кодирует пространственную структуру белка в последовательность символов структурного алфавита с помощью нейронных сетей, а затем находит топологически схожие структуры в международной базе данных PDB. Это помогает ученым находить эволюционно или функционально родственные белки, даже если их аминокислотные последовательности сильно различаются. Белки, образуемые в клеточном цикле, определяют функцию клетки и обеспечивают реакцию на воздействие окружающей средыИсточник: Unsplash Два других сервиса посвящены моделированию протеоформ. Инструмент «Моделирование ПТМ» позволяет вносить в структуру белка такие модификации, как фосфорилирование серина, треонина и тирозина, диметилирование лизина или гидроксилирование цистеина. Второй инструмент — «Аминокислотные замены» — дает возможность моделировать последствия замены любой канонической аминокислоты на другую. Оба сервиса работают на базе программного пакета SCPacker, разработанного в лаборатории, и используют алгоритмы Монте-Карло и цепи Маркова для построения наиболее энергетически выгодной конформации модифицированной молекулы. После завершения моделирования система предоставляет детальный отчет об изменении геометрии белка и позволяет скачать полученную структуру для дальнейшей работы. Создание PSSKB решает также задачу научного импортозамещения, предлагая российским ученым современную альтернативу таким зарубежным сервисам, как ViennaPTM или 3D-Blast, доступ к которым в настоящее время ограничен. По оценкам разработчиков, качество и точность моделирования на новой платформе сопоставимы, а по некоторым параметрам и превосходят зарубежные аналоги. Платформа обладает интуитивно понятным веб-интерфейсом, что позволяет работать с ней исследователям без углубленных навыков биоинформатического программирования. Ранее ученые ТГУ создали платформу для моделирования радиации. Поделиться Source: https://science.mail.ru/news/41247-rossijskie-uchenye-sozdali-veb-platformu-dlya-izucheniya-belkovyh-struktur/