— МД-2025: Практические вопросы в современной онкогенетике. Часть 1 25.11.2025 МД-2025: Практические вопросы в современной онкогенетике. Часть 1 Подготовила Юлия Панченко Мутации в каких генах выявляют при различных типах рака? Какие методы при этом используют? Как на практике обычно выявляют редкие наследственные опухолевые синдромы? Где в Москве выполняют секвенирование полных геномов пациентов с этими синдромами? Таким вопросам была посвящена первая часть секции «Практические вопросы в современной онкогенетике». Изображение: Петр Шаталов, к.б.н. Центр инновационных радиологических и регенеративных технологий ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России Фото: Андрей Константинов Юлия Панченко В начале секции Петр Шаталов, к.б.н. Центр инновационных радиологических и регенеративных технологий ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России, выступил с докладом «Подходы к молекулярно-генетической диагностике онкологических заболеваний в практике ФГБУ “НМИЦ радиологии” Минздрава России». На текущий момент молекулярно-генетическая диагностика в онкологии — это по большей части биомаркерная диагностика, то есть определение клинически значимых биомаркеров для последующего назначения персонифицированных методов лечения. Однако данная парадигма расширяется, в нее добавляется еще и диагностика для создания персонифицированных индивидуальных биотехнологических лекарственных препаратов. Если говорить о типах биомаркеров, которые необходимо детектировать для назначения таргетных препаратов, то их перечень достаточно разнороден. Это приводит к тому, что существует большая необходимость в различных методиках для детекции соответствующих нарушений. Есть несколько основных кластеров исследований, которые используются в современной онкологической практике. Это таргетные методы исследования, такие как ПЦР в реальном времени, секвенирование по Сэнгеру, фрагментный анализ, капельная цифровая ПЦР, а также высокопроизводительные методы исследования, преимущественно на базе секвенирования нового поколения, такие как анализ различных таргетных панелей, секвенирование полных экзомов, полных геномов, полных транскриптомов и другие большие сиквенсы. Таргетных исследований, которые входят в ОМС, достаточно много, и они так или иначе охватывают все основные локализации, будь то рак молочной железы, предстательной и поджелудочной железы, немелкоклеточный рак легкого, колоректальный рак, меланома, рак щитовидной железы, эндометрия и некоторые другие локализации рака. Таргетные диагностические тесты при раке молочной железы обычно представлены ПЦР-исследованиями на частые мутации в генах PIK3CA, BRCA1 и CHEK2, и также MLPA-исследованием небольших делеций и дупликаций в генах BRCA для пациентов, у которых либо ПЦР-исследованием, либо NGS не удалось выявить точечную мутацию. При колоректальном раке проводят поиск мутаций в нескольких зонах, наиболее часто — в генах KRAS, NRAS, BRAF, также анализ микросателлитной нестабильности. При меланоме речь идет про мутации в генах BRAF и c-KIT. При ГИСО секвенируют по Сэнгеру гены c-KIT и PDGFRA. При опухолях в ЦНС проводят ПЦР в режиме реального времени, анализ частых мутаций в генах IDH1/2 и анализ метилирования в гене MGMT. При раке легкого EGFR и BRAF обычно смотрят методом ПЦР, но в принципе диагностика при раке легкого сейчас все больше смещается в сторону NGS-исследований. Таргетные методы исследования достаточно эффективны, дешевы и быстры, но они ограничены с точки зрения того, что они позволяют выявить. Неизбежно в большом количестве случаев они ничего не показывают, и возникает необходимость проведения высокопроизводительного секвенирования методом NGS. При этом локализаций достаточно много, биоматериал тоже разный, количество генов разное и не очень маленькое, при этом на какие-то локализации есть отечественные малые таргетные панели, на каких-то их нет, на какие-то нет панелей вовсе. Перед лабораторией стоит задача в молекулярно-генетическом тестировании пациентов со всеми указанными локализациями для оптимального пользовательского опыта и назначения таргетной терапии. Универсальных решений не очень много, поэтому на практике применяется либо HRR-панель для поиска мутаций в генах репарации при раке поджелудочной железы, молочной железы, простаты, яичников, либо для других случаев все-таки используется большая панканцерная панель. В современной онкологической практике, как правило, все-таки применяют сиквенс небольших или средних таргетных панелей, потому что опухоль может быть достаточно гетерогенной, необходимо ее секвенировать с высоким покрытием для того, чтобы иметь возможность детектировать мутации с низкой частотой. Также таргетные панели дают меньший объем данных для биоинформатического анализа, они значительно дешевле. Недостатки — это шум, связанный с чрезмерно высоким покрытием, достаточно сложная биоинформатика, неравномерное, «рваное» покрытие и ограниченный перечень получаемой информации. Секвенирование полного экзома, полного генома в настоящий момент представляет собой в основном научный интерес, и в рутинной онкологической клинической практике до недавнего времени применялось достаточно мало. Однако сейчас ситуация меняется с выходом на рынок таких методов персонифицированных исследований, как индивидуальные биотехнологические лекарственные препараты, которые для своего создания требуют полного соматического и герминального профиля. Соответственно, приходится для таких задач секвенировать не панели, а хотя бы полные экзомы. В настоящий момент доступны таргетные панели от компании Atlas и от компании Parseq для диагностики рака молочных желез и яичников, а также рака легких. Однако для других локализаций отечественных таргетных панелей нет, поэтому приходится использовать различные китайские аналоги, например, от компании Vazyme и Nanodigmbio. Компании Atlas и Parseq предоставляют собственное биоинформатическое решение, которое облегчает полный цикл работы лаборатории, не имеющей собственной биоинформатической службы. Но это накладывает и ограничения, потому что лаборатория может использовать только эти панели. В случае с китайскими решениями приходится дополнительно продумывать то, как именно будет осуществляться обработка данных с последующей выдачей заключения, поскольку в этом случае есть проблемы с ценой и поддержкой. В Центре создана достаточно большая цифровая система на платформе Data Lake, которая объединяет в себя как сырые данные сиквенса, так и всю клиническую информацию, что позволяет делать корреляционный анализ, подбирать когорты пациентов и делать научные проекты на больших объемах данных. В ближайшее время в нашей стране начнется клиническое применение индивидуальных биотехнологических лекарственных препаратов, которые создаются на базе индивидуального геномного профиля опухоли у конкретного пациента. Речь идет про мРНК-вакцину, созданную совместно с Центром имени Н.Ф. Гамалеи. В августе было получено разрешение от Росздравнадзора на клиническое применение комплекта реагентов и биоинформатического софта как для обработки данных, так и для создания указанных конструкций. На следующий год планируется внедрение NGS-панели на циркулирующую опухолевую ДНК. Активно проводится внедрение single cell-секвенирования, пока с научной точки зрения, но и для последующего повышения эффективности разработки мРНК-вакцины, отбора пула пациентов, для которых она будет эффективна. С докладом «Промежуточные результаты проекта по полногеномному секвенированию пациентов с наследственными опухолевыми синдромами в городе Москве» выступила Марина Немцова, д.б.н., профессор Институт трансляционной медицины и биотехнологии Сеченовского Университета; ООО «Эвоген». Проект по полногеномному секвенированию пациентов с наследственными опухолевыми синдромами в Москве проходит под эгидой Департамента здравоохранения Москвы. Этот проект касается онкологических пациентов, но это еще и научное исследование. Он был сформирован в 2021 году, три раза возобновлялся, и на 2026 год он тоже возобновлен. В рамках проекта выполняется порядка 1800 полногеномных исследований, верификация по Сэнгеру. Также исследуют родственников тех пациентов, у которых выявили патогенные и вероятно патогенные варианты. Научное исследование начиналось с таких опухолей, как рак молочной железы, рак яичников и колоректальный рак. Отбирали случаи билатерального рака молочной железы, рака молочной железы у мужчин или рака молочной железы и яичников, то есть если имеются признаки наследственных опухолевых синдромов. С какого-то момента исследование расширилось, стали исследовать рак желудка, рак эндометрия, рак поджелудочной железы и нейроэндокринные опухоли. На сегодняшний день проводится полногеномное секвенирование для всех больных с опухолями этих локализаций. Проект развивается, поэтому теперь не просто определяются патогенные варианты, вероятно патогенные или варианты с неопределенной клинической значимостью. Еще и, во-первых, вызывают родственников для подтверждения, а во-вторых, активно консультируют пациентов. В том числе в рамках проекта налажено консультирование клинического психолога. Полногеномное секвенирование позволяет исследовать большую выборку онкологических российских больных, при этом они все обследованы стандартным методом, и их можно сравнивать (данные ПЦР- и NGS-панелей сложно сравнивать из-за различий по представленности генов в каждой конкретной панели и особенностей аннотирования). И есть возможность анализа всех генетических вариантов, в том числе и в некодирующих районах. Кроме того, в рамках этого проекта анализируются не только мутации, но и структурные перестройки (CNV, протяженные делеции). Поскольку «Эвоген» — лаборатория, которая секвенирует полные геномы не только онкологических больных, но и здоровых людей, появляется возможность анализировать и сравнивать частоты выявленных патогенных вариантов. Также анализируются так называемые вторичные находки: носительство наследственных заболеваний, маркеры токсичности химиотерапии, маркеры кардиотоксичности и некоторые другие. И это высокое качество прочтения генома, хранение первичных данных секвенирования и повторный биоинформатический анализ при появлении новой научной и клинической информации. Первичные данные не загружаются в облачные хранилища, для биоинформатической обработки не используются внешние ресурсы, биоматериал не вывозится за пределы России. В других странах тоже достаточно активно идут полногеномные исследования. Зачем же определить герминальные варианты и мутации в генах, ассоциированных с наследственными опухолевыми синдромами? В первую очередь это профилактика у здоровых носителей, это может быть хирургическая профилактика, какие-то еще профилактические программы. Кроме того, это диагностика наследственных опухолевых синдромов, что важно для прогноза. Известно, что наличие патогенных вариантов в некоторых генах, ассоциированных с НОС, дает возможность прогнозирования эффективности как платиновой терапии, так и некоторых таргетных препаратов и иммунопрепаратов. За 2020–2024 гг. были проведены 3600 полногеномных исследований, 373 исследования родственников. Были выявлены 450 пациентов с наследственными опухолевыми синдромами. Анализ проводится при помощи двух баз данных — VarSome и Franklin. На сегодняшний день выполнено 5118 полногеномных исследований для онкологических пациентов, из них 997 пациентов являются носителями патогенных вариантов, которые представляют собой все известные гены, ассоциированные с онкозаболеваниями, и это 19,5%. Еще 4% пациентов являются носителями вероятно патогенных вариантов, ассоциированных с онкозаболеваниями. Были обследованы 420 родственников, для 202 подтвердили наличие патогенных вариантов. Таким образом, в исследуемой выборке онкобольных выявляемость патогенных вариантов составляет в среднем примерно 20%. Классических наследственных опухолевых синдромов у лиц со злокачественными новообразованиями — примерно 12–13%. Мутаций BRCA1 в группе рака молочной железы — 10–11%. Частых мутаций — 5–6%. В других группах ЗНО сложно выделить частые мутации, большинство из них не повторяются. Структурных вариантов — примерно 1,5% на всю выборку, но 7% от подтвержденных случаев с наследственными опухолевыми синдромами и с выявленными причинами. В перспективе — исследование опухолевой ткани методом NGS. Запланировано 200 исследований на 2025–2026 год. Кроме того, Центр будет работать не только со взрослыми пациентами, но и с детьми. Продолжила секцию Анна Строганова, к.м.н., ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России, с докладом «Диагностика редких наследственных онкологических синдромов в рутинной практике». Злокачественные новообразования чаще всего возникают спорадически, однако небольшая их часть, от 5 до 10%, обусловлена наследственными онкологическими синдромами. Если говорить о наследственных онкологических синдромах, что можно сказать, что они обладают как генетической, так и фенотипической гетерогенностью. Это что значит? Одно злокачественное образование может быть обусловлен наличием патогенного варианта в разных типах генов, которые относятся к наследственным онкологическим синдромам. Также и патогенный вариант в гене, который относится к наследственным онкологическим синдромам, может фенотипически проявляться различными злокачественными новообразованиями. Всего с 2017 года в НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина было 117 пациентов с синдромом Линча. Большая часть пациентов имела патогенные варианты в гене MLH1, меньшая часть — в гене MSH2, и, по убыванию, MSH6 и PMS2. Это гены системы репарации неправильно спаренных оснований. Для генов MLH1 и MSH2 отмечается ранняя манифестация, для генов MSH6 и PMS2 — поздний возраст манифестации заболевания. Если посмотреть на пациентов до 30 лет, то мы не увидим диагностику патогенных вариантов в таких генах, как MSH6 и PMS2. Средний возраст манифестации для гена MLH1 был приблизительно 39 лет, для гена MSH2 — 45 лет, для гена MSH6 — уже старше 50 лет, а гена PMS2 — около 60 лет. У мужчин чаще всего первичной была опухоль кишечника. При наличии мутаций в гене MLH1 добавляется еще рак желудка и холангиокарцинома, в гене MSH2 — рак желудка и мочевыделительной системы. У женщин уже большее разнообразие опухолей. То есть помимо колоректального рака встречается еще рак эндометрия, желудка, молочной железы, шейки матки. Для гена MSH2 опухоли гинекологической локализации превышали даже количество опухолей, которые относились к кишечнику. Первично-множественные злокачественные образования наблюдалось в 42% при патогенных вариантах в гене MLH1; наблюдалось до 4 опухолей. В гене MSH2 — до 10 опухолей почти у половины пациентов. Пациентов с патогенным вариантом генах MSH6 и PMS2 немного, около половины из них также имели первично-множественные злокачественные образования. При наличии мутаций в гене MLH1 большую часть составляют опухоли кишечника, колоректальный рак, но при этом наблюдаются опухоли пищевода, мочевого пузыря, желудка. Большее разнообразие уже вторых первичных опухолей видно при патогенных вариантах в гене MSH2. При наличии мутаций в гене MSH6 разнообразие меньше, это опухоли кожи и колоректальный рак, опухоли желудка. У родственников пациентов, которым диагностирован синдромом Линча, также есть большое количество опухолей. То есть медико-генетическое консультирование при диагностике синдрома Линча играет основное значение. Есть еще вариант синдрома Линча, который характеризуется более тяжелым течением. Это синдром конституционального дефицита системы репарации неправильно спаренных оснований — то есть биаллельное наследование мутации системы репарации неправильно спаренных оснований. Чаще всего эти опухоли манифестируют в детском возрасте, более 50% всех злокачественных образований относятся к опухолям головного мозга. У более 60% всех пациентов, которые имеют этот синдром, присутствуют гомозиготные мутации в гене PMS2. У более чем 70% пациентов с семейным аденоматозным полипозом опухоли развиваются вне кишечника. Это рак щитовидной железы, опухоли центральной нервной системы, желчного пузыря, поражение сетчатки и много другое. Здесь сбор семейного анамнеза также играет большую роль, но не следует забывать, что в 20–30% случаев синдром возникает de novo. Тяжесть кишечных и внекишечных заболеваний соответствуют конкретным мутировавшим участкам гена APC. Герминальные мутации в гене APC фенотипически проявляются уже к 40 годам практически в 100% случаев. При синдроме Ли-Фраумени возникают злокачественные образования самого широкого спектра. Это саркомы, лейкозы, злокачественные опухоли молочной железы, головного мозга, коры надпочечников, много-много разных локализаций. Риск развития опухолей в течение жизни составляет более 70% у мужчин и 90% у женщин. И эти пациенты подвержены развитию радиационно индуцированного рака. Доклад «Особенности диагностики наследственного и спорадического колоректального рака» прочитал Виталий Шубин, к.б.н., ФГБУ «НМИЦ колопроктологии им. А.Н. Рыжих» Минздрава России. Колоректальный рак делится на наследственный и спорадический. Как диагностировать наследственные формы колоректального рака? Можно прямым путем, то есть провести полногеномное исследование и его интерпретировать. А при непрямом используют критерии отбора, такие как возраст, число полипов, пигментация, фенотипические признаки, и проводят ДНК-диагностику тех генов, которые ассоциированы с данным заболеванием. Полногеномное исследование достаточно дорогое, а наследственные синдромы встречаются достаточно редко. Чаще всего используется поиск при использовании критериев отбора пациентов. В статье показаны основные моменты и критерии для выявления синдрома Линча. Используется такой диагностический критерий, как микросателлитная нестабильность (MSI). У пациента с MSI с высокой вероятностью есть синдром Линча. Докладчик привел примеры клинических случаев, когда диагностика синдрома Линча была затруднена. Второй наследственный синдром — это адноматозно-полипозный синдром. Для него характерно наличие более 20 полипов, важны типы полипов и тип наследования. Нужно дифференцировать этот синдром с другими наследственными синдромами, которые связаны с опухолями толстой кишки. Это важно, потому что если у пациента подтверждается наличие мутации в гене APC или MutYH, то хирургическое лечение достаточно серьезное. Риск возникновения спорадического колоректального рака резко увеличится после 60 лет. Опухоли могут возникнуть в любом месте кишки. Молекулярно-генетические исследования могут быть важны для подбора терапии, в том числе таргетной. Информация о докладчиках: Петр Алексеевич Шаталов, к.б.н., Центр инновационных радиологических и регенеративных технологий ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России, г. Москва Марина Вячеславовна Немцова, д.б.н., профессор Институт трансляционной медицины и биотехнологии Сеченовского Университета; ООО «Эвоген», г. Москва Анна Михайловна Строганова, к.м.н., ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России, г. Москва Виталий Павлович Шубин, к.б.н., ФГБУ «НМИЦ колопроктологии им. А.Н. Рыжих» Минздрава России, г. Москва Source: https://pcr.news/novosti/md-2025-prakticheskie-voprosy-v-sovremennoy-onkogenetike-chast-1/