Юлия Панченко Продолжил секцию Марк Джайн, к.б.н., Медицинский научно-образовательный институт ФГБОУ ВО «Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова», с докладом «Анализ изменения числа копий гена KRAS во внеклеточной ДНК плазмы и желчи как новый способ оценки прогноза при раке поджелудочной железы» Рак поджелудочной железы характеризуется крайней и низкой однолетней выживаемостью — порядка 25%. Это в основном связано с тем, что диагностируется он на поздних этапах, поскольку на ранних стадиях практически нет специфических симптомов. В данном докладе речь идет именно про протоковую аденокарциному — самый распространенный вид рака поджелудочной железы. На сегодняшний день диагностика этого заболевания включает комплексный подход: используются визуализационные методы, есть лабораторные биомаркеры (CA 19-9, CA 242, раковый эмбриональный антиген). Из них самый известный — это CA 19-9. Он активно применяется, однако у него есть недостатки: специфичность не очень высокая, он повышается и при других состояниях, где-то у 10% населения он вовсе не выделяется. Верификация диагноза происходит с использованием инвазивных методов, в частности, биопсии с гистологическим/цитологическим исследованием или эндоскопической ультрасонографии. Оценка прогноза затруднена, необходима разработка новых подходов к оценке прогнозов. Жидкостная биопсия крови — один из самых перспективных методов. При раке поджелудочной железы наибольшее внимание уделяется анализу точечных мутаций в гене KRAS. Эти мутации крайне распространены, они встречаются чуть ли не у всех пациентов с этим заболеванием, более того, они находятся практически в одних и тех же кодонах: 12, 13 и 61. Это открывает возможности для использования таргетных, более дешевых, чем секвенирование, подходов, например, холодовой ПЦР в реальном времени или цифровой ПЦР. Есть и другая довольно частая альтерация в гене KRAS, которая мало изучена, — это вариация числа копий. Ранее упомянутые точечные мутации относятся к активирующим. Но многократная дупликация гена тоже может считаться активирующей. Практически все исследования в данной области основаны на анализе плазмы. Но выявляемость опухолевых аллелей зачастую не достигает 100%. На поздних стадиях заболевания она может быть выше, но на ранних — довольно низкой. В плазме на миллилитр может быть 5 копий опухолевой ДНК, иногда даже меньше. Конечно, это приводит к отрицательному результату. Группа докладчика предположила, что желчь может подойти для анализа лучше. Есть исследования, где при раке желчного пузыря было продемонстрировано, что этот биоматериал несет довольно много опухолевой ДНК. При раке поджелудочной железы примерно в половине случаев опухоль прорастает в желчные протоки, и это приводит к механической желтухе, и пациенты именно с этим состоянием впервые обращаются к врачу. В любом случае им выполняется дренирование желчи, но затем эта желчь не используется. В клиническое исследование вошли 94 пациента с протоковой аденокарциномой и 17 пациентов с другими неоплазиями. В группе были пациенты с так называемой внутрипротоковой папиллярно-муцинозной неоплазией, пред-раком в отношении рака поджелудочной железы, таких пациентов очень мало. ДНК выделяли из супернатанта желчи и из плазмы и анализировали при помощи цифровой капельной ПЦР самые распространенные мутации в гене KRAS, нуклеотидные замены и вариации числа копий. Также анализировали двухлетнюю выживаемость пациентов. В желчи мутации выявлялись намного чаще, особенно для мутации 12-го и 13-го кодонов. Не было ни одного случая, где в плазме бы мутация выявлялась, а в желчи — нет. Увеличение числа копий в желчи тоже происходило чаще, но здесь было довольно мало положительных случаев, поэтому это не достигло статистической значимости. При анализе взаимосвязи с клиническими данными было установлено, что уровни опухолевых аллелей положительно коррелировались с размером опухоли, а пациенты с метастазами имели в 4 раза большие значения фракции мутантного аллеля. Изменение числа копий тоже были выше. Возраст, пол, инвазия в сосуды никак не были связаны с определяемыми переменами. У пациентов, у которых изменения появлялись, выживаемость была значительно хуже. Результаты, которые получены в этом первичном исследовании, уже активно используются в ряде проектов, которые нацелены на практическое применение. С докладом «Молекулярно-генетическая диагностика опухолей головного мозга у детей» выступила Людмила Сердюкова, ГБУЗ «Морозовская детская городская клиническая больница ДЗМ». Еще несколько лет назад диагностика опухолей ЦНС основывалась лишь на гистологическом определении типа опухоли. Но проблема заключается в том, что с виду схожие гистологически опухоли могут кардинально различаться по клинической картине. То есть они могут быть и вялотекущими, и с агрессивным течением. По мере развития молекулярной биологии активно изучали и опухоли ЦНС. Это привело к тому, что сегодня постановка диагноза при опухолях ЦНС не может быть полной без молекулярно-генетических исследований. Даже в пределах одного гистологического типа опухоли различия в молекулярно-генетических характеристиках определяют прогноз заболевания и тактику проведения противоопухолевой терапии. Диагностика и подход к лечению становятся очень персонализированными. Согласно классификации Всемирной организации здравоохранения, наиболее часто встречающимися детскими опухолями головного мозга являются глиомы низкой степени злокачественности, или low-grade глиомы, глиомы высокой степени злокачественности, эпендимомы и эмбриональные опухоли. В настоящее время в рутинной практике для определения гистомолекулярного диагноза выполняется определение гистологического варианта опухоли, иммуногистохимических характеристик и молекулярно-биологических характеристик. Для этого используют FISH, ПЦР и таргетные панели на наиболее часто встречающиеся гены. Выполнив все эти этапы исследования, формируется так называемый многоуровневый диагноз в соответствии с классификацией ВОЗ опухолей ЦНС 2021 года. Этот диагностический отсчет включает в себя комплексный диагноз, патоморфологический диагноз и результат молекулярно-генетического исследования с обязательным указанием методики выполнения исследования. Объединение фенотипических и генотипических характеристик опухолей ЦНС дает большую диагностическую точность. Дмитрий Михайленко, к.м.н., доцент ИВиДПО ФГБНУ «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова», выступил с докладом «Современные подходы в генетической диагностике опухолей почки». Речь шла о наследственных онкосиндромах, которые связаны с повышенным риском развития различных типов опухолей почки. Если посмотреть на действующие рекомендации NCCN 2025 года для рака почки, то может создаться впечатление, что это совокупность отдельных охарактеризованных моногенных наследственных заболеваний, где есть один ген-кандидат, и есть какое-то характерное клиническое проявление, например, совершенно определенный патоморфологический тип опухоли. На самом деле, далеко не всегда просто, используя какую-то небольшую панель или даже секвенирую экзом или геном, находя герминальный вариант P/LP в одном из этих генов-кандидатов, однозначно поставить диагноз. Рассмотрели пример синдрома Хиппеля-Линдау. По современным оценкам он встречается на порядок чаще, чем описано в русскоязычной и отчасти в англоязычной литературе. В общем виде рутинной диагностики выглядит просто — выделяется ДНК из крови, проводится секвенирование экзонов 1-3 гена VHL, можно секвенировать по Сэнгеру. Если мутации не обнаружены, но клинические признаки заболевания есть, то ищут протяженные делеции, предпочтительно методом MLPA. Если же все равно клиника есть, но никаких делеций или мутаций нет, то образец направляется на секвенирование полного генома. Секвенирование полного генома дает большие преимущества. В работе 2023 года авторы сравнили процент находок, P/LP, при разных подходах к маршрутизации пациента. Если пациенты отобраны на основании клинических диагностических критериев того или иного онкосиндрома, и их гены индивидуально секвенировали по Сэнгеру или использовали короткие панели, то патогенный вариант находили примерно в 10% случаев. Если взять оставшихся пациентов и провести дополнительно полногеномное секвенирование, то удастся выявить мутации еще у 11% пациентов. Если взять тех пациентов, которые не имели официальных клинических диагностических критериев, но имели какие-то общие критерии, которые позволили предположить наследственный онкосиндром (множественные поражения, неблагоприятный семейный онкологический анамнез, молодой возраст пациента), и секвенировать их геном, то это даст еще примерно 17%. Получается, что если пациент имеет хотя бы минимальные проявления возможного наследственного онкосиндрома, и если его сразу послать на полногеномное секвенирование, то можно выявлять мутации в 38% случаев. Это позволяет избавить пациента от промежуточных этапов. Но может ли выполнение полногеномного секвенирование решить все проблемы в диагностике онкосиндромов? Не во всех случаях. В случае мозаицизма патогенный вариант будет отфильтрован как артефакт и не попадет в итоговый отчет. Бывает так, что мозаичные формы, несмотря на то, что в крови аллеля мало, имеют те же клинические проявления, что и классические формы онкосиндромов. Мозаицизм требует исследования не только крови, но и опухоли. Докладчик также рассказал, как с помощью полногеномного секвенирования выявили второй, минорный, ген-кандидат для синдрома Хиппеля-Линдау. Следующий онкосиндром, синдром Бёрта — Хога — Дьюба, когда-то тоже считался очень редким (1 на 200 000 или реже). Но, согласно новым подсчетам, порядок цифр совсем другой. Три британских проекта дают частоты loss-of-function variations гена FLCN 1 на 2710, 1 на 4190 и 1 на 1490. То есть это те заболевания, для которых актуально иметь весь современный спектр молекулярно-генетической диагностики. Значение мутации клинически неоспоримо — она позволяет поставить, подтвердить или изменить диагноз, но хотелось бы, чтобы была еще специфическая терапия. Однако при раке почки в основном мутируют гены, которые не являются известными онкогенами, где есть характерные «горячие точки» мутагенеза, и на которые уже сделаны таргетные препараты. Но все же препараты есть, например, белзутифан — ингибитор HIF-2 альфа. Первое его регистрационное показание к применению — это почечно-клеточные карциномы, гемангиобластомы ЦНС или нейроэндокринные опухоли поджелудочной (не требующих немедленного оперативного вмешательства) у пациентов с синдромом Хиппеля-Линдау, а также распространенная почечно-клеточная карцинома после лечения ингибиторами PD-1/PD-L1 и ингибиторами VEGF. Начиная с 2022 года, ВОЗ вела в действие новую патоморфологическую классификацию новообразований почки. И в этой патоморфологической классификации есть целый раздел, который так и называется — молекулярно определяемые подтипы почечно-клеточного рака. Если патоморфолог и врач-онколог в курсе новой классификации, это может позволить вовремя поставить диагноз «наследственный онкосиндром», а значит, пригласить для тестирования родственников, проводить динамическое наблюдение и, возможно, назначить специфическую терапию. Где в России тестируют на наследственные онкосиндромы? Сейчас почти повсеместно можно пройти тестирование на мутации в BRCA1/2, в «Эвогене» секвенируют геномы, есть отдельные диагностические программы. Но, к сожалению, многие другие онкологические синдромы, которых известен не один десяток, по-прежнему остаются в области платной генетической диагностики. Однако ФГБНУ «МГНЦ» проводит медико-генетическое консультирование и генетическую диагностику на бюджетной основе в соответствии с Порядком оказания медицинской помощи больным с врожденными и (или) наследственными заболеваниями (приказ Минздрава России № 274н) в рамках Государственного задания в пределах ежегодно устанавливаемых лимитов финансирования. Это доступно гражданам РФ при наличии справки по 057 форме и только в лимитах заданий на текущий календарный год. Кроме того, нужна первая очная консультация врача-генетика в Центре. С докладом «Переход от ПЦР к NGS-тестированию: опыт одной лаборатории» выступила Анна Субботовская, ФИЦ ФТМ, г. Новосибирск (при поддержке ООО «ОнкоАтлас»). В Сибирском федеральном округе заболеваемость онкологическими заболеваниями выше среднероссийской, а в Новосибирской области — одна из самых высоких во всем Сибирском федеральном округе. Ежегодно выявляется примерно 16 тысяч новых случаев. Потребность в молекулярно-генетическом тестировании на территории Новосибирской области — порядка несколько тысяч исследований ежегодно. NGS дает много ответов, можно исследовать много мутаций одновременно, но при этом метод все-таки достаточно дорогой, требует высокой подготовки кадров. ПЦР, с одной стороны, более дешев, но позволяет ответить только на тот вопрос, который задаешь. Какую мутацию ищешь, такой ответ и получаешь. В 2020 году на базе Федерального исследовательского центра фундаментальной и трансляционной медицины был организован научно-клинический диагностический центр в составе двух лабораторий: патоморфологической и молекулярно-генетической. COVID-19 внес некоторые коррективы: в период 2020 года по 2022 молекулярно-генетическая служба занималась тем, что диагностировала коронавирусную инфекцию. В 2022 году начали внедрять молекулярно-генетические методы тестирования опухолей методом ПЦР. В 2023 году постепенно начали тестирование методом NGS, сначала при раке молочной железы. Лаборатория прошла внешний контроль качества RUSSCO. В 2024 году дополнили молекулярно-генетические методы, внедрили FISH и NGS-панели для немелкоклеточного рака легкого. В 2025 году внедрили HRR-панели для рака простаты. Таким образом, на базе центра функционирует комплексная лаборатория, которая позволяет проводить диагностику, начиная с мокрого материала. Все получается в режиме одного окна. Почему центр переходит к высокопроизводительному секвенированию в части исследований соматических мутаций? Это экономия биоматериала. За последний год стало поступать больше образцов, где материала мало. Плюс материалы на молекулярно-генетические исследования поступает, как правило, уже после других исследований, и материала этого может быть недостаточно. Также современные реалии требуют исследования многих точек, и иногда выделенной ДНК просто не хватает. NGS позволяет экономить материал, а также время. Пациент быстрее получает ответ, быстрее получает заключение. И еще NGS — это полнота информации. Центр работает в системе ОМС, и пациенты получают медицинскую помощь по направлению по форме 057. Была организована лабораторная площадка, которая оснащена всем оборудованием, разработан алгоритм маршрутизации, который был закреплен в приказах по Новосибирской области. Соответственно, материал напрямую направлялся туда. Были внедрены технологии интерпретации отчетности и оценена клинико-экономическая эффективность. Центр вместе с онкологами участвовал в разработке клинических рекомендаций на региональном уровне, кому и когда показано именно тестирование методом NGS. Изначально было принято решение, что секвенирование будут запускать не менее одного раза в месяц, независимо от количества проб, потому что пациентов интересуют сроки. На тот момент фактически работали только с одной панелью, это была панель соло-теста ABC («ОнкоАтлас»), в которую входит 6 генов, за 2023 год было выполнено 467 тестирований. В 2024 году секвенатор запускался уже два раза в месяц, потом — еженедельно. Использовались уже четыре панели («ОнкоАтлас», ParSeq). За тот год было выполнено полторы тысячи исследований. В 2025 году стабильно производили еженедельные запуски, используются пять панелей, на сентябрь было уже выполнено две с половиной тысячи исследований. Подсчитали, что если в случае BRCA секвенировать сразу, без предварительного ПЦР, то можно сэкономить порядка четырех с половиной миллионов рублей в год. Информация о докладчиках: Марк Джайн, к.б.н., Медицинский научно-образовательный институт ФГБОУ ВО «Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова», г. Москва Людмила Эдуардовна Сердюкова, ГБУЗ «Морозовская детская городская клиническая больница ДЗМ», г. Москва Дмитрий Сергеевич Михайленко, к.м.н., доцент ИВиДПО ФГБНУ «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова», г. Москва Анна Игоревна Субботовская, ФИЦ ФТМ, г. Новосибирск Source: https://pcr.news/novosti/md-2025-prakticheskie-voprosy-v-sovremennoy-onkogenetike-chast-2/